Le gouvernement tchadien a « fermement » démenti les accusations selon lesquelles l'armée aurait mené des attaques contre des civils, notamment des pêcheurs, dans la région du lac Tchad, lors de son opération militaire contre Boko Haram.
Dans un communiqué diffusé le 1er novembre, Abderaman Koulamallah, porte-parole du gouvernement, a insisté sur le fait que « les opérations menées jusqu’à présent ont ciblé des groupes djihadistes bien identifiés ». Il a ajouté que les manœuvres militaires tchadiennes, « organisées et disciplinées, veillent scrupuleusement à ne jamais viser des civils ».
L'opération tchadienne contre Boko Haram, dirigée personnellement par le président Mahamat Idriss Déby Itno, a été accusée par des pêcheurs locaux et des milices anti-djihadistes d'avoir tué par erreur des « dizaines » de pêcheurs au Nigeria en voulant viser des djihadistes.
Un officier de l’État-major tchadien, qui a requis l’anonymat, a confirmé des frappes « opérées dans les îles situées aux confins du Nigeria et du Niger ». Il a expliqué que « les Boko Haram se fondent souvent au sein des pêcheurs et des paysans à chaque fois qu’ils commettent leurs forfaits. Il est donc difficile de faire la différence entre la population et les terroristes ».
Babakura Kolo, chef d’une milice anti-djihadiste au Nigeria, a déclaré le 31 novembre qu'un avion de chasse appartenant à l’armée tchadienne a attaqué des pêcheurs sur l’île de Tilma, tuant de nombreux pêcheurs. « L’avion a pris les pêcheurs pour des terroristes de Boko Haram qui ont attaqué une base militaire au Tchad dimanche [le 27 octobre] », a-t-il affirmé.
Le gouvernement tchadien qualifie ces allégations d'« erronées » et visant à « semer la confusion et à déstabiliser l’opinion publique ». L'opération Haskanite, lancée le 28 octobre, est « purement militaire et sécuritaire » et vise à « traquer, débusquer et anéantir la capacité de nuisance de Boko Haram et de ses affidés », a déclaré le Premier ministre tchadien, Abderahim Bireme Hamid.