Ahmadou Ahidjo a été élu président du Cameroun le 5 mai 1960. Le 1er octobre 1961 a donné naissance à la République Fédérale du Cameroun à la suite de la réunification du Cameroun français et du Cameroun austral britannique. Deux étoiles ont été ajoutées sur le drapeau français du Cameroun pour symboliser la fédération.
En 1962, le franc CFA est devenu la monnaie officielle du pays (dans les deux zones). La même année, un décret du gouvernement a été pris et a fortement réglementé les partis politiques.
Pendant cette période, une forte répression a été menée dans les pays occidentaux contre les guérillas de l'UPC. Cette guerre a entraîné la mort de milliers de Camerounais. Selon François-Xavier Verschave, des soldats français ont participé à l'opération qui a conduit au " génocide ". Bien que la plupart des livres d'histoire sur le Cameroun ne mentionnent pas cette version en général. Selon les dirigeants de l'UPC au début des années 1980, les troupes camerounaises ont enregistré des "milliers" de morts. Mongo Beti en 1982 parlera des milliers de victimes disparues de "Black Pinochet" ; (Ahidjo).
En janvier 1962, lorsque les deux ailes de l'UPC se réunirent à leur premier congrès après réhabilitation, Ahidjo envoya son armée pour y mettre fin. Les membres ont ensuite été dispersés à l'aide de baïonnettes. Après l'appel du 27 avril 1962, le député et ancien chef de l'Etat André-Marie Mbida et d'autres leaders de l'opposition comme Bebey-Eyidi (secrétaire général du Parti travailliste camerounais), Okala Charles, René Guy (secrétaire du Parti socialiste camerounais) et Théodore Mayi-Matip (Union des populations du Cameroun - UPC) furent arrêtés, faisant de Mbida le premier détenu politique du Cameroun indépendant du 29 juin 1962 au 29 juin 1965.
En avril 1964, Mbida Margaret Mbida Margaret, 36 ans, épouse du prisonnier politique André Marie Mbida, condamné à trois ans de prison, apparaît en tête de liste du PDC (Parti Démocrate Camerounais) aux élections d'avril 1964. Le PDC est le seul parti politique à avoir osé représenter l'opposition à ces élections. Les leaders d'opinion camerounais de l'époque étaient soit en exil, soit en prison. Les résultats de ces élections, selon des sources fiables, ont donné une victoire massive au PDC dans ce qu'on appelait alors la région de Nyong et Sanaga. Cette victoire électorale devait être confisquée au nom de l'unité nationale et au nom du parti unique créé. Les électeurs se sont vu refuser leur victoire exprimée en votes volés lors de cette élection. Le gouvernement camerounais de 1964 a envoyé la police dans les villages pour faire arrêter et déporter massivement les manifestants dans les fameux camps de concentration de Mantoum, Tcholliré et Mokolo.
Le 1er septembre 1966, Ahmadou Ahidjo a fusionné tous les partis politiques de l'Ouest du Cameroun à l'exception du PDC et de l'UPC - et certains partis de l'Est du Cameroun ont formé le Cameroon Union (CU), un projet de parti unique. Elle a ensuite été rebaptisée Union nationale camerounaise (CNU). Tout devait être mis en œuvre pour réaliser l'État unitaire et mettre fin au fédéralisme.
Après l'indépendance, l'UPC a repoussé le pouvoir, insinuant que l'indépendance accordée par les Français était une façade (terminée plus tôt par Mbida quand il a refusé de rejoindre le gouvernement Ahidjo) et qu'Ahmadou Ahidjo était un serviteur du règlement, et donc qu'il fallait le combattre. Les dirigeants de l'UPC ont donc déclenché une révolte au moment de l'indépendance pour tenter une conquête du pouvoir. Il y a eu beaucoup d'excès et la rébellion a rapidement conduit à l'augmentation des vols et des gangs. Cette insurrection est réprimée par Ahmadou Ahidjo, aidé par des conseillers militaires français. Les dirigeants de l'UPC en exil seront tués l'un après l'autre, comme le Dr Felix Moumie empoisonné à Genève (Suisse). Le dernier d'entre eux est retourné au Cameroun pour organiser la lutte armée de l'intérieur. Ernest OUANDIE a été arrêté et jugé dans le procès OUANDIE-Ndongmo. Ouandie a été condamné à mort et a été abattu le 15 janvier 1971